Genel Mikrobiyoloji Uygulama Ders Notu ( İstanbul Üniversitesi )
GENEL MİKROBİYOLOJİ UYGULAMA DERS NOTU
Mikrobiyoloji Laboratuvarında Dikkat Edilmesi Gereken Hususlar
1- Laboratuvar içerisinde ve çalışmalarında mutlaka önlük giyilmelidir. Önlükler uzun kollu, vücudu yeterli kapatıcı uzunlukta ve bedene uygun genişlikte olmalı, laboratuvar içerisinde düğmeleri ilikli olmalıdır. Önlük dışına hiçbir giysi, aksesuar çıkmamalıdır.
2- Laboratuvar içerisinde mutlaka kapalı ayakkabı kullanılmalıdır. Terlik, ucu açık ayakkabılar laboratuvarda kullanılmamalıdır.
3- Giyecekler, çantalar, kullanılmayacak ders materyalleri kontaminasyon riski nedeniyle mutlaka çalışma bölgesinden uzakta tutulmalıdır.
4- Laboratuvar içerisine kapalı paket içinde olsa da, yiyecek ve içecek sokulmamalıdır.
5- Saçlar özellikle ateşin yanında çalışılırken mutlaka toplanmalıdır. Sarkan, sallanan takılar riski artırdığı için laboratuvar içerisinde kullanılmamalıdır.
6- Çalışma süresince kulak, ağız, burun, göz gibi açık organlardan kalem, parmak, yiyecek, öze, deney tüpü vb. gibi unsurlar uzak tutulmalıdır.
7- Enjektörler, kesici delici aletler yapılan çalışmalar sonrasında mutlaka biyolojik atık kutularına atılmalıdır.
8- Pipet kullanımında puar ya da otomatik pipet kullanılmalıdır.
9- Kimyasal ya da biyolojik hiçbir madde koklanmamalı, tadılmamalıdır.
10- Ateş ile çalışırken dikkatli olunmalıdır, çalışan kişiler arasında hiçbir şekilde şakalaşma yapılmamalıdır. Kullanılmadığı sürece bek alevi kapalı konumda tutulmalıdır.
11- Mikroskoplar kullanım sonunda xylol ile temizlenmelidir, kullanılmış preparatlar kirli kovasına atılmalı, kullanım sonrasında mikroskopların ışıkları ve örtüleri kapatılmalıdır.
12- Laboratuvardaki eğitim materyalleri, kültürler, inceleme örnekleri kesinlikle laboratuvar dışına çıkarılmamalıdır
13- Hamilelik, alerjiler, renk körlüğü gibi tıbbi durumlarınızı mutlaka dersin sorumlusuna bildiriniz.
14- Laboratuvar çıkışında eller mutlaka uygun şekilde yıkanmalıdır.
15- Meydana gelen kazaları (dökülme, kırılma vb.) mutlaka dersin sorumlusuna bildiriniz.
I. NOT MİKROBİYOLOJİ LABORATUVARINDA KULLANILAN GEREÇLER
1- Cam gereçler: Mikrobiyoloji laboratuarında kullanılan cam malzemeler genellikle borosilikat bileşimindedir. Bu camlar ısıya dayanıklı olduğu gibi ani ısı değişikliklerine de dirençlidir.
Laboratuarda en çok kullanılan cam malzemeler;
Tüpler: Deney tüpleri kullanım amaçlarına göre değişik boy ve çaptadırlar. Çoğunlukla 18 x 180mm ya da 15 x 150mm boyutlarındaki tüpler kullanılır. Son zamanlarda plastik otoklavlanabilir değişik ebatlarda tüplerde kullanılmaktadır.
Petri kutuları: Çeşitli amaçlarla kullanılan farklı çaplardaki (6, 9, 18 cm ) cam kutulardır. Çoğunlukla içlerine katı besiyerleri dökülerek mikroorganizmaların üretilmesi ve antibiyogram amacıyla kullanılırlar. Steril plastik tek kullanımlık petriler de üretilmektedir.
Pipetler: Pipetler sıvıları ölçmek, aktarmak, besiyerlerine ekimler yapmak, serolojik reaksiyonları uygulamak gibi amaçlarla kullanılırlar. Boyları 30–40 cm, hacimleri 0.1, 1, 2, 5, 10, 25, 50, 100 ml’ ye kadar olabilen cam borulardır.
Pasteur pipetleri: Az miktardaki sıvıların alınması ve aktarılmasında kullanılırlar. Bu pipetler cam borulardan laboratuarda hazırlanırlar.
Desikatör ve jarlar: Maddeleri kuru tutmada ya da kurutmada kullanılan yuvarlak, kalın ve kapalı cam kaplardır. Aynı zamanda istenilen atmosferik şartların (anaerobik, mikroaerobik) içlerindeki sınırlı ortamda sağlanması içinde kullanılırlar.
Yukarıdaki cam gereçlerin yanı sıra beherglas, mezür, havan, enjektör, santrifüj tüpleri, balon ve balon jojeler oldukça sıklıkla kullanılırlar.
2- Ekim gereçleri: Mikroorganizmaların besiyerlerine ekilmesi amacıyla pipetler dışında özel, yanmayan ve okside olmayan tellerden yapılan araçlar kullanılır.
Öze: Yanmayan madeni ve özel bir sapa takılan ve ucunda 2–4 mm çapında halka bulunan 7–8 cm uzunluğundaki paslanmaz çelik ya da platin tellerdir. Daha çok sıvı ortamlardan örnek alıp ekim yapmaya yarar.
İğne: Ucunda halkalı tel yerine düz tel bulunan aynı yapıdaki gereçlerdir. Katı ortamlardan ve özellikle kolonilerden örnek alıp aktarmaya yarar.
Eküvyon (Svab): Boğaz, burun, kulak, anüs, vajina v.s. yerlerden mikroplu materyal almak için kullanılan ucu pamuklu tahta çubuklar, tel ya da plastikten yapılmış araçlardır. Tüp içinde steril olarak bulundurulurlar.
Spatül: Karaciğer, dalak, akciğer v.s. gibi iç organların iç kısmından steril olarak örnek almak için bu organların yüzeylerini dağlamaya yarayan alettir.
3- Diğer gereçler:
Etüv (inkübatör): Mikroorganizmaları üretmek için kullanılan, ısısı üretilecek etkenin karakterine göre ayarlanabilen sıcak hava dolaplarıdır. İnsan ve hayvanlarda hastalık oluşturan mikropların çoğunluğu 37oC’de ürediğinden etüvler genellikle 37oC’ye ayarlanır. Mantar etkenleri ve balıklarda hastalık yapan mikroorganizmaların üretilmesi için 25oC’ de çalışan ve çevre ısısından etkilenmeyen özel soğutmalı etüvler kullanılır. Etüvün içerisinde aşırı kurumanın önlenmesi için yeterli nemin sağlanması gerekir. Bu amaçla etüv içine küvetle su konur. Özel amaçlı üretilen anerobik ve karbondioksitli(CO2) etüvlerde mevcuttur.
Su banyosu (Benmari): İstenilen ayardaki ısı derecelerinde sıcak su elde etmeye ve suyu bu derecelerde sabit tutmaya yarayan gereçlerdir. Laboratuarda çok çeşitli amaçlarla kullanılır.
Otoklav: Besiyerlerini, laboratuarda kullanılan malzemeleri ve kontamine (bulaşık) materyali temizlemek ve sterilize etmek için kullanılan, basınçlı buharla çalışan özel aletlerdir.
Açık otoklav (Koch kazanı): Besiyerlerinin sterilizasyonunda ve katı besiyerlerinin eritilmesinde kullanılan aletlerdir. Basınçsız buhar ile çalışırlar.
Pasteur fırını: Kuru sıcak hava ile sterilizasyon amacıyla kullanılan aletlerdir.
pH metre: Besiyerlerinin ve diğer sıvıların pH’sını ölçmede kullanılan elektrik veya pille çalışan aletlerdir.
Distile su aygıtı: Besiyerleri ve diğer solüsyonlar için çok gerekli olan saf suyu elde etmede kullanılan aletlerdir.
Terazi: Kimyasal maddelerin tartılmasında kullanılırlar. Amaca göre hassas ya da normal teraziler tercih edilir.
Santrifüj aleti: Bir sıvıda bulunan mikroorganizmaları, hücreleri, partikülleri çöktürmede ve sıvıları berraklaştırmada yararlanılan aletlerdir.
Derin dondurucu (Deepfreeze): Uzun süreli ve çok düşük ısılarda saklanması gereken çeşitli kimyasal ve marazi maddelerin korunduğu dolaptır. -20 ile – 80°C’ ‘ler arasında çalışabilir.
Tüp karıştırıcı (vorteks): Genellikle tüp içindeki sıvıları karıştırmada kullanılan, hızı istenilen dereceye ayarlanabilen bir alettir.
Hot plate shaker: Çok miktardaki sıvıları karıştırmada kullanılan ve ısısı istenilen dereceye ayarlanabilen karıştırıcıdır.
Mikroskoplar: Laboratuarlarda genel amaçlar için ” Işık Mikroskopları” kullanılır. Büyütme kapasiteleri 1000–3000 arasında değişir. Ayrıca özel amaçlar için geliştirilmiş olan Karanlık Saha Mikroskobu, Faz Kontrast Mikroskobu, Flüoresans Mikroskobu ve Elektron Mikroskobu mikrobiyoloji alanında sıkça kullanılmaktadır.
II.NOT
MİKROBİYOLOJİK TERİMLER
Mikroorganizma: Canlılarda infeksiyonlara yol açan çok küçük biyolojik etkenlerdir. Bunlar bakteriler, virüsler, mantarlar ve parazitlerdir.
Mikrobiyoloji: İnsan ve hayvan sağlığı ile direk olarak ya da yakından ilgili olan mikroorganizmaların incelendiği bilim dalı.
Bakteri: İnsan ve hayvanlarda infeksiyona yol açan, DNA ve RNA’ya sahip, enzim aktivesi gösteren, canlı ve cansız (besiyeri) ortamlarda bölünmeyle çoğalabilen, filtrelerden geçemeyen toprak, su ve havada da bulunabilen yuvarlak, çomak ya da sarmal şekilli canlılardır. Bakterileri inceleyen bilim dalına “Bakteriyoloji” denir.
Virüs: Zorunlu hücre parazitleri olup, bakterilerin geçemedikleri filtrelerden geçebilen, kendi metabolik aktiviteleri olmadığı için seçtikleri canlı hücrenin metabolizmasından yararlanarak çoğalabilen ve girdikleri organizmada değişikliklere yol açan, yalnızca bir nükleik asit (DNA ya da RNA) taşıyan, infeksiyon oluşturma gücüne sahip canlılardır. Virüsleri inceleyen bilim dalına “Viroloji” denir.
Mantar (Fungus): Doğada yaygın olarak bulunan, insan ve hayvanlarda mikotik infeksiyonlara yol açan, bölünme, tomurcuklanma ve sporlanmayla çoğalabilen küf ( çok hücreli) ya da maya (tek hücreli) yapısındaki canlılardır. Mantarları inceleyen bilim dalına “Mikoloji” denir.
Epizootiyoloji: Salgın hayvan hastalıklarının çıkış, yayılış ve dağılışları ile bunlara etkileyen faktörleri ve bu hastalıklardan korunma ve kontrol yöntemlerini inceleyen bilim dalıdır.
Hastalık: İnsan ve hayvanlarda hücre, doku veya organlardan birinin ya da birkaçının normal fonksiyonlarını yerine getirememesidir.
Saprofitik mikroorganizma: İnsan ve hayvanlarda hastalık oluşturmayan mikroorganizmalardır.
Patojenik mikroorganizma: İnsan ve hayvanlarda hastalık oluşturan mikroorganizmalardır.
Patojenite: Mikroorganizmaların hastalık oluşturma yeteneğidir.
Virulens: Patojen mikroorganizmaların hastalık oluşturma gücüdür.
İnfeksiyon: Patojenik bir mikroorganizmanın vücuda girmesi, yerleşmesi, çoğalarak yayılması ya da üremesi sırasında oluşturduğu enzim ve toksinlerinin yayılması sonucunda canlıda hastalık belirtilerinin ortaya çıkmasıdır.
İnceleme örneği: Vücudunda herhangi bir infeksiyonun söz konusu olduğu canlı ya da ölü hayvanlardan, infeksiyonun laboratuar tanısı amacıyla alınan her türlü muayene maddesine (iç organlar, kan, idrar, dışkı v.s.) inceleme örneği denir.
Bakteriyoskopi: Laboratuara gönderilen marazi maddelerden direkt olarak preparat hazırlanarak, etkenin morfolojik tanısı amacıyla mikroskopta incelenmesidir.
Besiyeri (Vasat): Mikroorganizmaların üretilmeleri, saf olarak elde edilmeleri ve çeşitli biyokimyasal özelliklerinin incelenmesi için kullanılan, sıvı ya da katı olarak hazırlanan besleyici ortamlardır.
Ekim: İçerisinde mikroorganizmaların bulunduğu bilinen ya da bunların bulunup bulunmadığı araştırılacak olan ortamlardan ekim aletleri (çoğunlukla öze) ile alınan örneklerin belirli kurallara göre besiyerlerine aktarılması olayıdır.
İnokulum – İnokulasyon: Canlı ve ölü hayvanlardan alınan marazi maddelerden çeşitli yöntemlerle hazırlanan homojen süspansiyona inokulum, inokulumun deney hayvanlarına çeşitli yollarla uygulamasına inokulasyon denir. Bu uygulama etkenin patojenitesini saptamak amacıyla yapılır.
İnkubasyon (Kuluçka) Süresi: Mikroorganizmaların vücut içinde ya da dışında üremesi için gerekli olan süre.
Üreme: Bakterilerin ve mantarların uygun besiyerlerinde ve çevresel koşullar altında, virüslerin canlı ortamlarda (doku kültürü, embriyolu yumurta, deney hayvanları gibi) çoğalmasıdır.
Kültür: Laboratuarlarda besiyerlerinde üretilmiş olan mikroorganizmaların tümüne kültür denir.
Koloni: Katı besiyerinde üreyen mikroorganizmaların oluşturdukları gözle görülebilen kümelere koloni denir. Mikroorganizma türleri kendilerine özgü renk, koku, büyüklük ve yapıda koloni oluştururlar.
Karışık kültür: İçinde çeşitli mikroorganizmaların ürediği kültürdür.
İzolasyon: İnceleme örneğinde bulunan hastalık etkeni mikroorganizmanın laboratuarda ekim yapılarak üretilmesi ya da karışık kültürdeki bir mikroorganizmayı diğerlerinden ayırarak saf olarak üretme işlemidir.
Saf kültür: Yalnız bir tür mikroorganizmanın uygun besiyerinde üretilmesi ile oluşan kültürdür.
Suş (Köken): Herhangi bir ortamdan soyutlanarak elde edilen ve bütün özellikleri belirlenmiş saf kültürlerdir.
İdentifikasyon: İzole edilen mikroorganizmanın morfolojik, fizyolojik ve biyokimyasal özelliklerinin saptanarak isimlendirilmesidir. (ör; E.coli)
Spor: Bazı bakterilerin stoplazmasının içerisinde ve özel koşullara bağlı olarak oluşan, o bakterilerin çeşitli fiziksel ve kimyasal çevre etkilerine karşı dayanıklı olmasını sağlayan ve üreme ile ilgisi olmayan oluşumlardır.
Portör: Bazı infeksiyonlarda hayvanların iyileştikten sonra hastalık etkenini çeşitli yollarla saçmalarıdır.
Rezervuar: Hastalık etkenini aldıkları halde, kendileri infeksiyona yakalanmayan fakat etkeni bünyelerinde barındırarak duyarlı hayvanlara bulaşmasını sağlayan omurgalı canlılardır.
Morbidite: Bir havyan topluluğunda, infekte olan hayvan sayısının populasyon sayısına oranıdır.
Mortalite: Bir havyan topluluğunda hastalıktan ölen hayvan sayısının populasyon sayısına oranıdır.
Letalite: Bir hayvan topluluğunda hasta olan hayvan sayısının aynı hastalıktan ölen hayvan sayısına oranıdır.
İnsidens: Belirli bir zaman periyodunda görülen hastalık olgularının oranıdır
Prevalans: Belirli bir zaman kesitinde saptanan hastalık olgularının oranıdır.
Zoonotik infeksiyon: Hayvanlardan insanlara, insanlardan hayvanlara bulaşabilen hastalıklara denir.
…
