AMİNO ASİTLER, PEPTİTLER VE PROTEİNLER II:

Peptitler ve Proteinler

Peptitler amino asitlerden oluşmuş zincirlerdir.

İki amino asit molekülü bir amit bağı ile kovalent olarak birbirine bağlandıklarında bir dipeptit oluşur.

Bu bağın oluşumu için bir amino asidin α-karboksi grubundan ve diğer bir amino asidin α-amino grubundan bir molekül suyun ayrılması gerekir.

Peptit bağı oluşumu bir kondensasyon reaksiyonudur.

Biyokimyasal şartlar altında bu reaksiyonun dengesi amino asit oluşumu yönündedir.

Reaksiyonun termodinamik olarak tercih edilir hale gelmesi için karboksil grupları kimyasal olarak aktive edilmelidir.

Üç amino asit iki peptit bağı ile birbirlerine bağlandıklarında bir tripeptit ve benzer şekilde dört amino asitten tetrapeptit ve beş amino asitten pentapeptit oluşur.

Genellikle 8 ve üzeri amino asitten oluşan peptitler oligopeptit olarak isimlendirilirler.

20 ve üzeri amino asitten oluşan peptitler ise polipeptit olarak adlandırılırlar.

Üç boyutlu yapıya katlanarak bir fonksiyon gösteren polipeptitlere protein adı verilir.

Peptit yapısında yer alan bir amino asit birimi (amino grubundan bir hidrojen atomu ve karboksi grubundan bir hidroksil molekülü kaybetmiş olan kısım) genellikle amino asit kalıntısı olarak adlandırılır.

Uçta serbest bir α-amino grubu taşıyan amino asit kalıntısı amino terminali veya N-terminali olarak, serbest bir α-karboksil grubu taşıyan amino asit kalıntısına karboksi terminali veya C-terminali denir.

Peptitler zincirin her iki ucunda serbest bir amino ve serbest bir karboksil grubu taşırlar.

Bu gruplar pKa değerlerinin altında ve üstünde farklı yüklenirler.

Ayrıca zincir içindeki iyonlaşabilen yan gruplara sahip amino asit kalıntıları da pKa değerlerinin altında ve üstünde farklı yüklenirler.

Peptit bağı oluşumuna katılan amino ve karboksil grupları ise yük alamazlar.

…